Het werd in 1553-1554 opgericht door Gilbert van Schoonbeke (1519-1556), de geniale architect, ingenieur en urbanist. Hij was ook grondspeculant en schiep de zogenaamde "Nieuwstad". Het Brouwershuis is een wondertje van 16de eeuwse techniek.

De naam Brouwershuis is eigenlijk was misleidend, want er werd niet gebrouwen. In de buurt waren er echter wel veel brouwerijen en die werden van hieruit voorzien van water. Vandaar dat het gebouw ook wel Waterhuis werd genoemd. De installatie is geheel intact, het gaat om een rosmolen die een machine aandreef waarmee beneden water werd opgeschept dat vervolgens op de bovenverdieping in bakken werd uitgestort. Van daaruit werd het via een ingenieus buizenstelsel gedistribueerd naar de brouwerijen. Ook de stallen van de paarden die de molen voortbewogen bestaan nog, net als de sfeervolle raadzaal waar indertijd de brouwersgilde (gesticht in 1582) vergaderde.
Daarnaast is er ook een educatieve opstelling over de produktie van bier.


Het museum is wegens renovatie- en restauratiewerken tijdelijk gesloten voor het publiek.